Ouvert en 1995, il se situe au niveau du secteur occidental du Monastère occupé autrefois par les appartements des moines. Le Musée évoque tour à tour les constructions et le développement historique et artistique de la citadelle monastique franciscaine.
A l’intérieur, sont exposés différents objets provenant de l’Eglise, du Cloître et du Monastère. En particulier, ces salles présentent des objets qui ont survécu à l’incendie qui détruisit l’église en 1943.