Aperto nel 1995 in alcuni ambienti del Monastero in origine occupati dagli appartamenti delle monache, il Museo racconta le vicende costruttive e lo sviluppo storico-artistico della cittadella francescana. Al suo interno sono esposti reperti provenienti dalla Chiesa, dal Chiostro e dal Monastero. In particolare, le sale espongono i materiali sopravvissuti all'incendio del 1943 che distrusse la chiesa.